По данным [4] арестован 22 сентября 1936г. В сентябре 1936 г. алтайские чекисты "вскрыли" очередную контрреволюционную организацию в Смоленском районе. 23 сентября 1936 года по обвинению в принадлежности к этой организации власти арестовали о.Иоанна и заключили в тюрьму г.Бийска. По тому же обвинению были также арестованы ссыльные священники: благочинный церквей района протоиерей Носков Даниил Матвеевич, 57 лет (с. Смоленское), священник Пальмов Николай Николаевич, 51 год (с. Ново-Смоленка), а также 24-летний сын казачьего полковника из Забайкалья Захарьин Гектор Николаевич. (Они отбывали наказание в Яйском лагпункте Сиблага, а в конце 1933 г. всем троим оставшиеся сроки, по возрасту и болезням, заменили на ссылку с прикреплением к постоянному месту жительства). В сентябре 1936 г. чекисты сочинили версию, будто все четверо заранее "договорились поселиться в одном районе, поближе к монгольской границе, создать здесь контрреволюционную организацию из активных церковников и поднять вооруженное восстание в момент нападения Японии на СССР".
Арестованные были заключены в Бийскую тюрьму. При обыске у о.Иоанна было "изъято" написанное им "антисоветское" стихотворение "Весна", но в его деле оно не обнаружено