По-видимому, в том же 1933г. архимандрит Агапит был официально утвержден настоятелем Ильинской церкви на Кегострове, и продолжал им оставаться после возвращения из ссылки протоиерея Алексия Шилова в 1936г. Об этом свидетельствуют два документа, изъятых при аресте. 8 мая 1936г. архиепископ Архангельский и Холмогорский Никон прислал "Настоятелю храма, что в Кегострове Архимандриту Агапиту" циркуляр о том, что при совершении таинства крещения над детьми обязательно требовать согласие обоих родителей. Также и циркуляр архиепископа Никона от 2 января 1937г. о поминовении за богослужением "Патриаршего Местоблюстителя нашего, Блаженнейшего Сергия, Митрополита Московского и Коломенского" адресован "Настоятелю храма на Кегострове Архимандриту Агапиту".
В Кегостровской Ильинской церкви тайно совершали богослужения ссыльные епископы Игнатий (Садковский), а, возможно и епископ Парфений (Брянских)