В 1956г. защитил диссертацию на степень магистра богословия "Критическое издание греческого Нового Завета и общепринятый Православной Церковью текст"

После защиты магистерской диссертации был утвержден в звании профессора и переведен в Ленинградскую Духовную Академию. В 1960г. за представленный в ученый совет труд "История Византийской Церкви" была присвоена степень доктора церковной истории, в каковой он был утвержден Св.Патриархом Алексием 11.11.1960г. Помимо педагогической деятельности, Алексей Иванович исполнял обязанности секретаря Учебного комитета при Св.Синоде, был членом редколлегии "Журнала Московской Патриархии" и редколлегии сборника "Богословские труды". В 1961г. по состоянию здоровья был вынужден выйти на пенсию. Всегда спокойный, скромный, внимательный, общительный и отзывчивый — таким знали его сослуживцы и ученики. А.И.Иванов опубликовал около ста научных работ историко-литературного характера. Находясь на пенсии, Алексей Иванович продолжал работать в различных архивах и библиотеках Москвы и Ленинграда, собирая по крупицам материал о преподобном Максиме Греке. До конца жизни Алексей Иванович продолжал работать. Последние два года жизни профессор почти совсем потерял зрение. Он диктовал своей супруге одну из работ о прп.Максиме Греке, которую закончил в 1975г. и которая в 1976г. была опубликована под названием "Максим Грек как ученый на фоне современной ему образованности" в 16-м выпуске сборника "Богословские труды"