Незадолго до нового ареста отца Иоанна постигло большое искушение, по поводу которого он писал 4 сентября 1936г. протоиерею Даниилу Носкову:
     "С самого начала поступления на Белокурихинский приход тяжелая картина,
      тяжелое впечатление отзывались в моей душе и сердце. Теперь казалось,
      что дело устроилось. В воскресные дни, а в особенности в великие
      праздники, когда больше бывает молящихся, стало раздаваться под сводами
      храма живое пастырское слово — об устроении жизни прихожан по заветам
      Христа. И в эти минуты мне чувствовалось, что мои уста глаголят от
      избытка сердца. Но увы, наверно не придется отслужить ни одной литургии,
      так как церковь требуют освободить для засыпки хлеба, как и в прошлом
      году. Провидение снова оставляет меня без службы. Все эти действия лишают
      нас права отвергать промыслительные действия Бога и
      обязывают нас к осторожности в суждениях о том, что невозможно для
      нашего разума узнать"

После закрытия храма жил в том же селе без работы до 15 июня 1936г.

По данным [4] арестован 22 сентября 1936г. В сентябре 1936 г. алтайские чекисты "вскрыли" очередную контрреволюционную организацию в Смоленском районе. 23 сентября 1936 года по обвинению в принадлежности к этой организации власти арестовали о.Иоанна и заключили в тюрьму г.Бийска. По тому же обвинению были также арестованы ссыльные священники: благочинный церквей района протоиерей Носков Даниил Матвеевич, 57 лет (с. Смоленское), священник Пальмов Николай Николаевич, 51 год (с. Ново-Смоленка), а также 24-летний сын казачьего полковника из Забайкалья Захарьин Гектор Николаевич. (Они отбывали наказание в Яйском лагпункте Сиблага, а в конце 1933 г. всем троим оставшиеся сроки, по возрасту и болезням, заменили на ссылку с прикреплением к постоянному месту жительства). В сентябре 1936 г. чекисты сочинили версию, будто все четверо заранее "договорились поселиться в одном районе, поближе к монгольской границе, создать здесь контрреволюционную организацию из активных церковников и поднять вооруженное восстание в момент нападения Японии на СССР".
Арестованные были заключены в Бийскую тюрьму. При обыске у о.Иоанна было "изъято" написанное им "антисоветское" стихотворение "Весна", но в его деле оно не обнаружено

Групповое дело "Дело архиепископа Иакова (Маскаева) и др. Барнаул, 1937г." 

Впоследствии были арестованы другие обвиняемые по делу: священники В.Д.Овсянников, И.Д.Василевский, П.Г.Гаврилов, церковный староста В.Ф.Ларионов, церковный сторож П.А.Честных и др. — всего 26 человек. 29 октября 1937г. был арестован архиепископ Барнаульский Иаков (Маскаев), объявленный "руководителем контрреволюционной повстанческой организации". Следствие по делу продолжалось несколько месяцев. При аресте и на допросах о.Иоанн Можирин держался мужественно. Во время следствия он содержался в Бийской тюрьме, как и остальные обвиняемые. Престарелый священник подвергался многочисленным допросам и издевательствам. Будучи инвалидом, о.Иоанн 39 дней провел в тюремной больнице, но виновным себя не признал и никого не оговорил. Много лет спустя в одном из следственных дел периода конца 1930-х гг. было обнаружено стихотворение, написанное о.Иоанном, повидимому, в тюрьме:
       "Измученный тюрьмой страданьем,
        Не раз я себе находил
        В глаголах небесных указанье,
        Источник спасенья и сил..."